1．事前通知

税務調査は、基本的に事前通知の後に行われます（ただし場合によっては事前通知がないケースもあります）。事前通知では、税務職員が調査の開始日や開始する場所などを伝えてきますので、ご自身の都合と照らし合わせて日時を確認しましょう。

やむを得ない場合は、日時を調整してもらえますので、税務職員と相談してみてください。

2．質問検査など

調査の担当者が事務所などに現れ、身分証明書や質問検査章を納税者に提示します。税務調査は質問調査権に基づいて行われるため、偽りの回答や調査を妨害するような行為は決して行ってはいけません。

法律に罰則が定められています。また、税務調査に必要だと調査担当者が判断した場合は、帳簿書類などを預けたり、取引先や雇用主に質問・検査などを行ったりすることもあります。

ここから先の流れは、申告に問題があったか否かで異なります。

3．申告より税金が増える誤りを指摘された場合

税務調査の終了時（平均的に1～3ヶ月後）に、必ずその結果の説明があります。

今回の調査で問題の指摘がなかった場合は、後日書面でその旨を通知されます。逆に売上げが漏れていたり経費が多かったりといった誤りを指摘され、その結果申告より税金が増える場合は、次の手続きとなります。

最初に修正申告等を勧められます（申告していなかった場合は「期限後申告」です）。

あくまで「勧め」ですので、修正申告等を行うかはご自身で判断となります。修正申告等を行った場合、更正の請求が可能になるものの、不服の申し立て（再調査の請求・審査請求など）ができません。

修正申告等を勧められたものの、それに応じなかった場合は、更生・決定の処分を税務署長が行います。

通常、更生・決定の処分を税務署長が行えるのは、法定申告期限から最長5年間と決まっています。しかし、税金が増加する理由が不正行為によって全部または一部の税額を免れた、あるいは還付を受けたといった悪質な行為があったと判断される場合、さらに2年さかのぼって最長7年間の処分が可能となっています。

調査の結果増加した納税額には、ペナルティとして加算税が後日通知されます。過少申告加算税、無申告加算税及び重加算税と3種類があり、増加した理由により決まります。また、増加した税額は、納期限に遅れて納付したこととなるため利息としての延滞税も別途かかります。

4．再調査

前回の調査結果に関係なく、調査後に新しく得た情報によって申告内容に誤りが見込まれるとして、再調査が実施されるケースがあります。