税務調査（任意調査）

国税調査官が実施する調査は、俗に税務調査と言われ、納税者が過去に申告した内容が各税法通りきちんと行えていたかの確認が目的です。

税務調査は、調査官が事業所や代表者宅などで実地に事実確認することはできますが、それは裁判所の令状に基づくものではないことから強制力がない任意調査です。よって、税務調査の実施は納税者の協力が必須ですから、時間や調査の実施日など、ある程度融通が利きます。

また、調査の結果説明で申告誤りを指摘された場合、納税者は修正申告を行って税金を納めれば特に問題はないです（修正申告しなければ、更正処分されます）。

注意点としては、調査官の申告内容に関する質問に対しては、黙秘することなく慎重に返答することです。へたに黙秘したりいい加減な回答をすると、言えない事情があるとか虚偽や調査妨害の証拠として逆利用され、税務署長自身が独自に税額計算した更正処分を促したり、重加算税の賦課など重いペナルティが課される場合があります。

査察調査（強制調査）

国税査察官（国税局査察、通称マルサ所属）は、悪質で高額な脱税行為者を国税犯則取締法違反容疑で検察に告発することを目的に調査します。マルサは、時に200名以上の査察官を動員のうえ納税者や関係者の家宅捜索を裁判所の捜索令状を提示して実施（これを俗に強制調査と言います。）し、強制的に差し押さえた関連資料を検証、証拠化します。

一方で、関係人への任意の事情聴取等で証言を集めます。マルサは、あくまで悪質で高額な脱税行為者に「一罰百戒」を与えることが使命であり、実施される範囲が限定的なため、過度に心配する必要はありません。